Stránka 4 z 7

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 13:00
od Peters
Monika píše:Dokáže mitochondriální DNA vystopovat geografický původ pramáti do cca 10. století s relativně vysokou přesností? Zde bych se možná i spokojila s tím, že nebudu chápat proč. To ale s genealogií nesouvisí, jen by mě to zajímalo. Zápisy ve starých kronikách mluví o tom, že od cca 10. století přicházelo na území, kde žily mé pra...prababičky, velké množství rodin nových osadníků - hlavně Sasové a částečně i Švédové nebo obecně Skandinávci. Tak třeba má pramáti nakonec nebyla ze slovanského kmene. To ale asi na tak malou časovou vzdálenost nepůjde? Hlavně asi by nebylo dost dat k porovnání?

Řekl bych že nedokáže. O mé mtDNA haploskupině J1c1 lze například říct, že vznikla asi před 10 000 lety v Evropě. Je pravda, že mám ještě 6 dalších mutací, které nejsou na strumu ani blíže prozkoumané, s jejich zahrnutím bychom se dostali blíž - ale pokud bychom bychom to vzali tak, že k těm mutacím dochází rovnoměrně v čase, tak by to v mám případě byla 1 mutace za 1666 let

Nebo třeba skupina H2a vznikla před 19 300 ± 2 000 roky ve střední Asii nebo ve východní Evropě.

A to ještě v Česku běžně dostupné testy úseků HVR1 a HVR2 ani takovou přesnost určení haploskupiny neumožňují, někdy je člověk rád, že z toho vypadne haploskupina H, která vznikla někdy před 28 000 lety.

Samozřejmě je možné, že by se u vaší pramáti ukázalo, že má mtDNA haplotyp typický pro seveřany, ale nepoznalo by se, kudy cestovala, na to nese mtDNA příliš málo informací.

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 13:28
od Peters
ZEL píše:Výsledkem jednoduchého testu je sada čísel (hodnot markerů). Zjednodušeně řečeno, pokud mají dvě osoby tuto sadu stejnou, nebo se jen nepatrně liší, mají společného předka s velmi vysokou pravděpodobností (při stejném příjmení hraničící s jistotou). Takže ano, dostanete dvě sady čísel, jejichž hlavním výstupem je odpověď na otázku, jestli mají tyto dvě osoby společného předka. Pro mě to málo není.

V případě negativního výsledku, tedy když se výsledky liší v hodně markerech, je to jasné.
Ale u pozitivních výsledků bych byl hodně opatrný a nechal si je v některých případech ještě nějakým dalším testem potvrdit. Problém může být malý počet testovaných markerů.
Třeba můj švagr má na FTDNA 4 přesné shody na 25 markerech, genetická vzdálenost nula. Ale na 37/67/111 markerech se ty shodu už neukazují, protože jsou příliš vzdálené.
Pokud vezmu za základ, že vím, že není společný předek v posledních 4 generacích, tak při úplné shodě na 25 markerech je pravděpodobnost společného předka před 8 generacemi jen necelých 70 % (vypočítáno algoritmem TiP od FTDNA).
Ovšem za těch posledních několik set let genealogické doby mohlo klidně dojít až ke dvěma mutacím, je to náhodný proces s určitou pravděpodobností. A tady už zrovna u toho švagra vidím 179 shod a pravděpodobnost společného předka v 8 generacích je už jen 23 %. A i to číslo je přehnaně optimistické, protože se hned na 37 markerech ukáže, že se ta pravděpodobnost blíží nule.

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 13:41
od ZEL
Peters píše:Ale u pozitivních výsledků bych byl hodně opatrný a nechal si je v některých případech ještě nějakým dalším testem potvrdit.

Jistě, můj příspěvek se týkal potvrzení společného předka při stejném příjmení a předpokládám i stejné oblasti původu, zde si myslím není nutné tak důsledné testování (snad vyjma R1a).

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 14:16
od Peters
Souhlas.

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 14:23
od gkg
ZEL píše:
Peters píše:Ale u pozitivních výsledků bych byl hodně opatrný a nechal si je v některých případech ještě nějakým dalším testem potvrdit.

Jistě, můj příspěvek se týkal potvrzení společného předka při stejném příjmení a předpokládám i stejné oblasti původu, zde si myslím není nutné tak důsledné testování (snad vyjma R1a).


Blizka (nenulova) shoda na 23, 27 ale i 37 markerech muze jen ukazovat na stejny skupinu obyvatel (tj. primeho predka pred vic nez tisici lety) - STR markery jsou nevyzpytatelne, muzou divergovat, ale i nahodne mutovat obdobne, ci dokonce konvergovat z ruznych modalnich hodnot.
Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Bez SNP testovani je to vsechno jenom odhadovani a hadani.

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 14:47
od ZEL
gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Moment, tohle mě zajímá. Můžete to doložit?

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 15:15
od Zora
Peters - děkuji. Z

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 15:27
od gkg
ZEL píše:
gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Moment, tohle mě zajímá. Můžete to doložit?


Jsou to extremy, ktere si pamatuju, ze jsem na ne za roky zkoumani narazil - ale nemam je nekde ulozene, pokusim se je najit.
[Cas spolecneho predka je dan stadardnim odhadem podle mnozstvi odlisnych SNP mutaci - https://www.yfull.com/tree]

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 15:38
od gkg
gkg píše:
ZEL píše:
gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Moment, tohle mě zajímá. Můžete to doložit?


Jsou to extremy, ktere si pamatuju, ze jsem na ne za roky zkoumani narazil - ale nemam je nekde ulozene, pokusim se je najit.
[Cas spolecneho predka je dan stadardnim odhadem podle mnozstvi odlisnych SNP mutaci - https://www.yfull.com/tree]


Pomahal jsem tento vikend nekomu s R1a a koukal pritom na meho tchana - tady je jeho 16/17 (coz je samozrejme daleko od 37) se starim 5000 let - divergence pod R-Z283 (https://www.yfull.com/tree/R-Z283/), expanze proto-indoevropskeho jazyka z vychodoevropskych/zapadoasijskych stepi.

Obrázek
R1a-Z283+, Z282+, Y17491+ Pakistan 13 25 15 11 11 14 10 13 11 30 16 14 20 10 16 19 11
(jedina mutace je dist391 10->11)

P.S. Davam si za ukol vest si na ty 37 mutace denicek...

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 17:45
od ZEL
gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Tak to jsem Vás zřejmě špatně pochopila. Pravděpodobně máte na mysli společného otcovského předka z počátku našeho letopočtu přes SNP markery při shodě 2/37 STR markerů. Pak je ovšem společný předek jen odhadnutý, nikoliv doložený. Pokud se mýlím, tak prosím o vysvětlení. Děkuji.

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 23:04
od gkg
Monika píše:Pořád mi to ale připadá jako že "genetická genealogie" je spíš pro lidi se zájmem o genetiku, kterým možná v něčem pomáhá genealogie, než aby genetika pomáhala genealogii.


Vse zalezi na stavu vaseho badani, vasich znalosti o vasem rodopisu, jako i o tom jake mate cile. Pokud mate v rodopisu nepopsana mista, pokud se zajimate i o "cousins" - potomky vasich predku a pokud vas zajima zda to co jste vycetli z papiru je pravda, tak genetika pomaha genealogii.

Souhlasim, ze kazdy to ma jinak. Jen je zajimave, ze nas zatim o nepouzitelnosti geneticke genealogie presvedcuji lide, kteri s ni zatim nic moc neudelali... Az prijde do diskuze clovek s desitkou autozomalnich testu, uplnym sekvenovanim genomu, mnoha STR a SNP testy svych 4 nejblizsich otcovskych linii, a bude tvrdit, ze v Ceskem prostredi jsou to zatim vyhozene penize, tak to bude zajimava debata.

Za me je autozomalni geneticka genealogie ten nejzabavnejsi konicek, ta nejzabavnejsi samostatna cinnost, jakou jsem kdy zazil. Dava pro me genealogii novy, dalsi, uzasny rozmer.

Kazdopadne vse dobre v 2018, at uz jste genealogove geneticti, ci klasicti :twisted:

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 23:18
od gkg
ZEL píše:
gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Tak to jsem Vás zřejmě špatně pochopila. Pravděpodobně máte na mysli společného otcovského předka z počátku našeho letopočtu přes SNP markery při shodě 2/37 STR markerů. Pak je ovšem společný předek jen odhadnutý, nikoliv doložený. Pokud se mýlím, tak prosím o vysvětlení. Děkuji.


Ano, to mam na mysli, ze pro znamou SNP mutaci, ktera zrejme existovala v casove posloupnosti genetickych mutaci na Y strome v rozumne definovanem case (samozrejme s netrivialni smerodatnou odchylkou, takze kdyz rikam na zacatku letopoctu, muze to ve skutecnosti byt ~400BC nebo ~600AD), muze pro ruzne potomky teto mutace dojit k odlisne rychlosti divergence. Takze muzou existovat 4 potomci po otcovske linii kde 2 maji shodu 35/37 a dva maji shodu 26/37. To zda ta mutace nastala 400BC nebo 600AD neni zcela podstatne. To co jsem chtel sdelit je ze STR markery maji ze sve biologicke podstaty (mutace nahodnym "smerem") omezenou schopnost precizne definovat pribuzenskou vzdalenost, takze pro seriozni genealogy je vhodne propojit tuto informaci s SNP testy.

Co myslite tim, ze je predek "odhadnuty" nikoliv "dolozeny"?

P.S. Ja netvrdim, ze jsem videl takove dva vysledky u stejne SNP mutace, ale ze u priblizne 2000 let stareho spolecneho predka jsou ty nejzazsi hranice, ktere jsem za tech par let co se tomu venuju videl 35/37 az 26/37. Proste: Je fajn, kolik informaci se da zjistit uz jen z GaP oproti situaci, kdy nemam v ruce nic - jen je treba to brat s rezervou (pomyslnou "grain of salt").

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: ned pro 31, 2017 23:46
od gkg
Pro zajimavost, ma 3ti nejblizsi shoda s udelanymi NGS testy, p. Narog: https://www.yfull.com/tree/I-Y16473/ (Narog id:YF03908, Krchak tj. ja id:YF10964) ma na YSearch.org 44/60STR (na YFull 287/325 STR - tj. az ma 13ta nejblizsi STR shoda na YFull).
http://www.ysearch.org/research_start.asp?vallist=ah7ek%2C+XQM9E

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: pon led 01, 2018 0:30
od Peters
Před několika dny mi přišly Genealogické a heraldické listy číslo 4/2017 - a je v nich pěkný několikastránkový článek "Y-DNA a její využití při genealogickém pátrání" od Jiřího Klusáčka.

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

PříspěvekNapsal: pon led 01, 2018 16:12
od ZEL
Monika píše:Víc by mě zajímalo, kam se poděli někteří potomkové, a to i dcery, abych se mohla při jejich hledání zaměřit na nějakou obec. V tom mi genetika pomoci nedokáže.

Pokud půjdete od žijících nositelů stejného příjmení směrem do minulosti, můžete právě narazit na nějakou pro Vás dosud neznámou oblast, kam mohlo odejít víc nositelů stejného příjmení. A kterými žijícími nositeli se máte zabývat a kterými ne, to Vám řekne právě genetika.