Malý blog na téma genetické genealogie

Slouží pro všeobecné informace a tipy ke genetické genealogii. Jak praví wikipedia: Genetická genealogie je vědní disciplína spočívající v kombinaci testování DNA s tradiční genealogií a tradičními genealogickými a historickými záznamy, z nichž se snaží odvozovat vztahy mezi jednotlivci.

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Monika » ned pro 31, 2017 12:21

ZEL píše:Oslovením současných nositelů těchto příjmení ...

A to je jeden z problémů. Pracuji s veřejně dostupnými matrikami, protože k těm živým se, samozřejmě, nedostanu, když nejsem přímým potomkem právě daného člověka. Jsem ve sporadickém kontaktu s několika potomky, ale znám, myslím, jen jediného přímého potomka otcovské linie z jednoho příjmení. Občas, když narazím na nositele příjmení, pokouším se jej oslovit, ale zatím vždy bez jakékoli reakce.

Dalším problémem je, že i kdybych někdy časem někoho opravdu našla, potvrdila otcovskou linii a přemluvila k testu, pak 1. nemusí být ochotný se se mnou o výsledek podělit nebo 2. nedokážu výsledek interpretovat, když nevím, o co vlastně jde (genetická řeč je pro mě něco jako Voynichův rukopis). A aby mi někdo z laboratoře napsal něco ve smyslu "ano, mají společného předka", to je pro mě málo.

Dokáže mitochondriální DNA vystopovat geografický původ pramáti do cca 10. století s relativně vysokou přesností? Zde bych se možná i spokojila s tím, že nebudu chápat proč. To ale s genealogií nesouvisí, jen by mě to zajímalo. Zápisy ve starých kronikách mluví o tom, že od cca 10. století přicházelo na území, kde žily mé pra...prababičky, velké množství rodin nových osadníků - hlavně Sasové a částečně i Švédové nebo obecně Skandinávci. Tak třeba má pramáti nakonec nebyla ze slovanského kmene. To ale asi na tak malou časovou vzdálenost nepůjde? Hlavně asi by nebylo dost dat k porovnání?
Uživatelský avatar
Monika
 
Příspěvky: 2881
Registrován: úte lis 18, 2014 2:11
Oblast pátrání: Lounsko, Slánsko, Kladensko, Rakovnicko, Nové Strašecí, Halič

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Peters » ned pro 31, 2017 13:43

Zora píše:Prosím o objasnění principu, na jehož základě je určeno, že rozbor mé DNA napovídá, že rod přišel před X stoletími z oblasti Y.
Tím rodem myslíte otcovskou linii?

Jde mě o to, jak se zjistí, že vyšší pravděpodobnost původu mého rodu je v oblasti Y .
Z archeologických studií toho tedy moc neznáme. Současně žijící a otestovaní jedinci mohou znát pohyb svého rodu -prokazatelně - do cca začátku 16. století.
Nerad bych, aby došlo ke zmatení pojmů. Otcovská linie, se odvíjí od mutací na chromozómu Y a tam jsou ty archeologické studie určující
Už jsem se několikrát setkala s faktem, že konkretní genealog si udělá rodokmen podle matrik, gruntovnic a pod... a dál do minulosti ho má "doložený" na základě rozboru DNA. A já s pochybnostmi čtu o tom, že rod sídlící na Moravě, bez židovských předků do začátku "matriční doby" pochází je Asie a v rozboru DNA jsou patrny i stopy židovské DNA.
Jenže to je míchání původu otcovské linie a původu mixu všech předků. Otcovská linii je jasně daná mutacemi na chromozómu Y a jde jen o dostatek archeologických nálezů, abychom mohli říci přesně, kde k této mutaci došlo. Na chromozómu Y dochází v průměru k jedné změně (mutaci) za 100 let a tak může být určení docela přesné. Horší je to s tím původem od všech předků, jednak jsme zdědili kousky DNA jen od některých předků a pak také jen některé, takže samo o sobě ta přesnost nemůže být vysoká. A pak záleží na referenčních populacích. Tady se dostaneme pár stovek let dozadu, pokud nejde o motivy - mutace shodné pro celou populaci.
Já to nerozporuji, jen nechápu to porovnání s čímsi, s kýmsi, na základě kterého to vyjde.

Třeba moje opakované dotazy mohou někomu v pochopení, když mně se to nedaří. Z

edit
Pro mě neuspokojující odpověď na moji otázku:
http://www.rekreacnigenetika.cz/caste-dotazy-genograf#
Dozvěděla jsem se, co se dozvím, nedozvěděla jsem se vůbec na základě čeho se k tomu dospěje.

24) Jak moc přesné výsledky mám očekávat, resp. kam až test původu sahá?
Výsledky testu mohou zahrnovat časový úsek od dávné prehistorie tzn. 10-15 tisíc let nazpět až po poměrně nedávnou historii tzn. 200-300 let nazpět v závislosti na zvoleném typu testu. Z výsledků testů se v každém případě dozvíte, zda vaše otcovská či mateřská linie má své kořeny např. v jižní, západní, východní nebo severní Evropě, Asii či Africe. Dozvíte se její prehistorii, tzn. kdy vznikla a kde a kudy vedly nejstarší trasy putování vašich prapředků. Dále se dozvíte, ke kterým jazykovým skupinám má vaše linie nejblíže, v kterých státech světa žije nejvíce lidí s Vaším typem genetického profilu a kde žijí Vaši genetičtí bratranci, což poukazuje na nejpravděpodobnější trasy migrace Vašich předků. U podrobnějších testů GenoGraf® GENEA jsou pak geografické lokalizace a nejpravděpodobnější trasy putování předků díky většímu množství měřených znaků popsány podrobněji.
Z
,
Tak Genomac pokud vím vůbec neřeší autosomální testy, jen tu otcovskou a mateřskou linii a tam je postup jasný - identifikují se rozdíly od referenčního genomu a na základě toho se staví strom mutací. A ten strom mutací se na základě archeologických nálezů přibližuje určitým lokalitám a kulturám, viz ten obrázek, co jsem posílal v tomto vláknu dříve. Pak také nabízejí porovnání, kde dnes žije nejvíce nositelů daných mutací. To se zjišťuje jednak z projektů, jako je třeba "1000 genomes", který si kladl za cíl najít skupinu zástupců pro každou populaci na Zemi a stále se rozšiřuje, jednak z mnoha databází vzniklých nekomerčním i komerčním testováním. Tímto směrem je třeba zaměřen The Genographic Project: https://genographic.nationalgeographic.com/ organizovaný National Geographic. (Pro přesnost - ty stromy mutací bývají sestaveny pro mutace SNP, tedy jednotlivé záměny, zatímco Genea využívá testy STR, kde se zjišťují počty opakování krátkých sekvencí na daných místech. Oba postupy ale v důsledku řeší totéž.)

A ta přesnost - s těmi 33 STR markery, co Genomac nabízí, to můžou být nějaké tisíce let.
Peters
 
Příspěvky: 430
Registrován: ned lis 29, 2009 23:39

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod ZEL » ned pro 31, 2017 13:44

Monika píše:... znám, myslím, jen jediného přímého potomka otcovské linie z jednoho příjmení.


Pokud přesvědčíte tohoto jednoho člověka, budete znát haplotyp příslušného rodu (předpokládám, že jeho rodokmen znáte). Dále je možné plošně oslovit nositele stejného příjmení (kontakty z veřejně přístupných zdrojů na netu) s tím, že jim nabídnete test a vypracování rodokmenu výměnou za výsledky testu a vstupní genealogické informace (odezva je kolem 10%).
Výsledkem jednoduchého testu je sada čísel (hodnot markerů). Zjednodušeně řečeno, pokud mají dvě osoby tuto sadu stejnou, nebo se jen nepatrně liší, mají společného předka s velmi vysokou pravděpodobností (při stejném příjmení hraničící s jistotou). Takže ano, dostanete dvě sady čísel, jejichž hlavním výstupem je odpověď na otázku, jestli mají tyto dvě osoby společného předka. Pro mě to málo není.
Na otázku ohledně mtDNA nejsem schopna zodpovědně odpovědět.
ZEL
 
Příspěvky: 297
Registrován: pát srp 25, 2006 11:42
Oblast pátrání: Rody Zelinků a Zelingerů
http://zelinka.genebaze.cz/zelinka.html

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Peters » ned pro 31, 2017 14:00

Monika píše:Dokáže mitochondriální DNA vystopovat geografický původ pramáti do cca 10. století s relativně vysokou přesností? Zde bych se možná i spokojila s tím, že nebudu chápat proč. To ale s genealogií nesouvisí, jen by mě to zajímalo. Zápisy ve starých kronikách mluví o tom, že od cca 10. století přicházelo na území, kde žily mé pra...prababičky, velké množství rodin nových osadníků - hlavně Sasové a částečně i Švédové nebo obecně Skandinávci. Tak třeba má pramáti nakonec nebyla ze slovanského kmene. To ale asi na tak malou časovou vzdálenost nepůjde? Hlavně asi by nebylo dost dat k porovnání?

Řekl bych že nedokáže. O mé mtDNA haploskupině J1c1 lze například říct, že vznikla asi před 10 000 lety v Evropě. Je pravda, že mám ještě 6 dalších mutací, které nejsou na strumu ani blíže prozkoumané, s jejich zahrnutím bychom se dostali blíž - ale pokud bychom bychom to vzali tak, že k těm mutacím dochází rovnoměrně v čase, tak by to v mám případě byla 1 mutace za 1666 let

Nebo třeba skupina H2a vznikla před 19 300 ± 2 000 roky ve střední Asii nebo ve východní Evropě.

A to ještě v Česku běžně dostupné testy úseků HVR1 a HVR2 ani takovou přesnost určení haploskupiny neumožňují, někdy je člověk rád, že z toho vypadne haploskupina H, která vznikla někdy před 28 000 lety.

Samozřejmě je možné, že by se u vaší pramáti ukázalo, že má mtDNA haplotyp typický pro seveřany, ale nepoznalo by se, kudy cestovala, na to nese mtDNA příliš málo informací.
Peters
 
Příspěvky: 430
Registrován: ned lis 29, 2009 23:39

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Peters » ned pro 31, 2017 14:28

ZEL píše:Výsledkem jednoduchého testu je sada čísel (hodnot markerů). Zjednodušeně řečeno, pokud mají dvě osoby tuto sadu stejnou, nebo se jen nepatrně liší, mají společného předka s velmi vysokou pravděpodobností (při stejném příjmení hraničící s jistotou). Takže ano, dostanete dvě sady čísel, jejichž hlavním výstupem je odpověď na otázku, jestli mají tyto dvě osoby společného předka. Pro mě to málo není.

V případě negativního výsledku, tedy když se výsledky liší v hodně markerech, je to jasné.
Ale u pozitivních výsledků bych byl hodně opatrný a nechal si je v některých případech ještě nějakým dalším testem potvrdit. Problém může být malý počet testovaných markerů.
Třeba můj švagr má na FTDNA 4 přesné shody na 25 markerech, genetická vzdálenost nula. Ale na 37/67/111 markerech se ty shodu už neukazují, protože jsou příliš vzdálené.
Pokud vezmu za základ, že vím, že není společný předek v posledních 4 generacích, tak při úplné shodě na 25 markerech je pravděpodobnost společného předka před 8 generacemi jen necelých 70 % (vypočítáno algoritmem TiP od FTDNA).
Ovšem za těch posledních několik set let genealogické doby mohlo klidně dojít až ke dvěma mutacím, je to náhodný proces s určitou pravděpodobností. A tady už zrovna u toho švagra vidím 179 shod a pravděpodobnost společného předka v 8 generacích je už jen 23 %. A i to číslo je přehnaně optimistické, protože se hned na 37 markerech ukáže, že se ta pravděpodobnost blíží nule.
Peters
 
Příspěvky: 430
Registrován: ned lis 29, 2009 23:39

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod ZEL » ned pro 31, 2017 14:41

Peters píše:Ale u pozitivních výsledků bych byl hodně opatrný a nechal si je v některých případech ještě nějakým dalším testem potvrdit.

Jistě, můj příspěvek se týkal potvrzení společného předka při stejném příjmení a předpokládám i stejné oblasti původu, zde si myslím není nutné tak důsledné testování (snad vyjma R1a).
ZEL
 
Příspěvky: 297
Registrován: pát srp 25, 2006 11:42
Oblast pátrání: Rody Zelinků a Zelingerů
http://zelinka.genebaze.cz/zelinka.html

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Peters » ned pro 31, 2017 15:16

Souhlas.
Peters
 
Příspěvky: 430
Registrován: ned lis 29, 2009 23:39

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod gkg » ned pro 31, 2017 15:23

ZEL píše:
Peters píše:Ale u pozitivních výsledků bych byl hodně opatrný a nechal si je v některých případech ještě nějakým dalším testem potvrdit.

Jistě, můj příspěvek se týkal potvrzení společného předka při stejném příjmení a předpokládám i stejné oblasti původu, zde si myslím není nutné tak důsledné testování (snad vyjma R1a).


Blizka (nenulova) shoda na 23, 27 ale i 37 markerech muze jen ukazovat na stejny skupinu obyvatel (tj. primeho predka pred vic nez tisici lety) - STR markery jsou nevyzpytatelne, muzou divergovat, ale i nahodne mutovat obdobne, ci dokonce konvergovat z ruznych modalnich hodnot.
Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Bez SNP testovani je to vsechno jenom odhadovani a hadani.
gkg
 
Příspěvky: 47
Registrován: pát dub 04, 2014 11:40

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod ZEL » ned pro 31, 2017 15:47

gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Moment, tohle mě zajímá. Můžete to doložit?
ZEL
 
Příspěvky: 297
Registrován: pát srp 25, 2006 11:42
Oblast pátrání: Rody Zelinků a Zelingerů
http://zelinka.genebaze.cz/zelinka.html

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Zora » ned pro 31, 2017 16:15

Peters - děkuji. Z
Uživatelský avatar
Zora
 
Příspěvky: 14506
Registrován: čtv kvě 31, 2012 15:01
Bydliště: Ivančice
Oblast pátrání: Ivančice a okolí, Brno-Zábrdovice, jižně od Brna, Tišnovsko, Vysočina-Žďár, Křižanov, Velkobítešsko, Náměšťsko, z části Třebíč, mlynářské rody na řekách Jihlava, Oslava, matriky Rakousko z části

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod gkg » ned pro 31, 2017 16:27

ZEL píše:
gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Moment, tohle mě zajímá. Můžete to doložit?


Jsou to extremy, ktere si pamatuju, ze jsem na ne za roky zkoumani narazil - ale nemam je nekde ulozene, pokusim se je najit.
[Cas spolecneho predka je dan stadardnim odhadem podle mnozstvi odlisnych SNP mutaci - https://www.yfull.com/tree]
gkg
 
Příspěvky: 47
Registrován: pát dub 04, 2014 11:40

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod gkg » ned pro 31, 2017 16:38

gkg píše:
ZEL píše:
gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Moment, tohle mě zajímá. Můžete to doložit?


Jsou to extremy, ktere si pamatuju, ze jsem na ne za roky zkoumani narazil - ale nemam je nekde ulozene, pokusim se je najit.
[Cas spolecneho predka je dan stadardnim odhadem podle mnozstvi odlisnych SNP mutaci - https://www.yfull.com/tree]


Pomahal jsem tento vikend nekomu s R1a a koukal pritom na meho tchana - tady je jeho 16/17 (coz je samozrejme daleko od 37) se starim 5000 let - divergence pod R-Z283 (https://www.yfull.com/tree/R-Z283/), expanze proto-indoevropskeho jazyka z vychodoevropskych/zapadoasijskych stepi.

Obrázek
R1a-Z283+, Z282+, Y17491+ Pakistan 13 25 15 11 11 14 10 13 11 30 16 14 20 10 16 19 11
(jedina mutace je dist391 10->11)

P.S. Davam si za ukol vest si na ty 37 mutace denicek...
gkg
 
Příspěvky: 47
Registrován: pát dub 04, 2014 11:40

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod ZEL » ned pro 31, 2017 18:45

gkg píše:Videl sem 2/37 i 11/37 ze stejneho otcovskeho predka z pocatku naseho letopoctu.

Tak to jsem Vás zřejmě špatně pochopila. Pravděpodobně máte na mysli společného otcovského předka z počátku našeho letopočtu přes SNP markery při shodě 2/37 STR markerů. Pak je ovšem společný předek jen odhadnutý, nikoliv doložený. Pokud se mýlím, tak prosím o vysvětlení. Děkuji.
ZEL
 
Příspěvky: 297
Registrován: pát srp 25, 2006 11:42
Oblast pátrání: Rody Zelinků a Zelingerů
http://zelinka.genebaze.cz/zelinka.html

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Monika » ned pro 31, 2017 21:50

Děkuji všem za odpovědi.

Valné většině vašich slov, bohužel, nerozumím, prostě proto, že genetika není můj koníček. To už lépe rozumím některým kosmologickým teoriím, pokud jsou vysvětlovány postupně s minimem odborných slov a bez výpočtů. (Zajímám se zkrátka o jiné vědní obory.)

Pro mou otázku mateřské linie je tedy genetika nepoužitelná.

U mých pokusů o rozrody, je společný předek vzdálen dnešním třicátníkům u Dykastů v cca 12. generaci (v některých liniích může být i dál) a u Bařtipánů v 9. až 10. generaci (i dál).
Upřímně řečeno mě zde vlastně ani tak nezajímá, zda někdo z předků dnešních nositelů příjmení v otcovských liniích nebyl náhodou "nepokrevným" potomkem (abych to vyjádřila co nejmírněji) i přesto, že se narodil jako manželské dítě. Víc by mě zajímalo, kam se poděli někteří potomkové, a to i dcery, abych se mohla při jejich hledání zaměřit na nějakou obec. V tom mi genetika pomoci nedokáže. A na to, aby mi genetika byla schopna potvrdit, že jsem nějakou linii napojila správně, bych musela genetice rozumět a věřit jí, což se říct nedá. Nehledě na to, že nikdy nelze vyloučit onu "nepokrevnost".

Fakt si cením času a úsilí, které jste do svých odpovědí dali.
Pořád mi to ale připadá jako že "genetická genealogie" je spíš pro lidi se zájmem o genetiku, kterým možná v něčem pomáhá genealogie, než aby genetika pomáhala genealogii.
Uživatelský avatar
Monika
 
Příspěvky: 2881
Registrován: úte lis 18, 2014 2:11
Oblast pátrání: Lounsko, Slánsko, Kladensko, Rakovnicko, Nové Strašecí, Halič

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod gkg » pon led 01, 2018 0:04

Monika píše:Pořád mi to ale připadá jako že "genetická genealogie" je spíš pro lidi se zájmem o genetiku, kterým možná v něčem pomáhá genealogie, než aby genetika pomáhala genealogii.


Vse zalezi na stavu vaseho badani, vasich znalosti o vasem rodopisu, jako i o tom jake mate cile. Pokud mate v rodopisu nepopsana mista, pokud se zajimate i o "cousins" - potomky vasich predku a pokud vas zajima zda to co jste vycetli z papiru je pravda, tak genetika pomaha genealogii.

Souhlasim, ze kazdy to ma jinak. Jen je zajimave, ze nas zatim o nepouzitelnosti geneticke genealogie presvedcuji lide, kteri s ni zatim nic moc neudelali... Az prijde do diskuze clovek s desitkou autozomalnich testu, uplnym sekvenovanim genomu, mnoha STR a SNP testy svych 4 nejblizsich otcovskych linii, a bude tvrdit, ze v Ceskem prostredi jsou to zatim vyhozene penize, tak to bude zajimava debata.

Za me je autozomalni geneticka genealogie ten nejzabavnejsi konicek, ta nejzabavnejsi samostatna cinnost, jakou jsem kdy zazil. Dava pro me genealogii novy, dalsi, uzasny rozmer.

Kazdopadne vse dobre v 2018, at uz jste genealogove geneticti, ci klasicti :twisted:
gkg
 
Příspěvky: 47
Registrován: pát dub 04, 2014 11:40

PředchozíDalší

Zpět na Všeobecně

Kdo je online

Uživatelé procházející toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 1 návštěvník