Malý blog na téma genetické genealogie

Slouží pro všeobecné informace a tipy ke genetické genealogii. Jak praví wikipedia: Genetická genealogie je vědní disciplína spočívající v kombinaci testování DNA s tradiční genealogií a tradičními genealogickými a historickými záznamy, z nichž se snaží odvozovat vztahy mezi jednotlivci.

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod ZEL » úte led 02, 2018 13:09

gkg píše:Tohle je zase spis odbornejsi diskuse :)
Otestovat konkretni SNP marker je relativne levne (18$ - https://www.yseq.net/index.php?cPath=1), jen jsou tech SNPs statisice, kdezto standardni sady STR markeru jsou v desitkach. Proto, kdyz chceme otestovat cely chromozom Y, je to o neco drazsi (~400$) nez 111 STR markeru (~250$).
Nicmene s jednim SNP panelem (~100$) se dostanu dal nez s 67STR testem (~200$).

Pochopitelně šlo o zjednodušení. Chtěla jsem vysvětlit, proč se obvykle začíná sadou STR markerů.
ZEL
 
Příspěvky: 240
Registrován: pát srp 25, 2006 11:42
Oblast pátrání: Rody Zelinků a Zelingerů
http://zelinka.genebaze.cz/zelinka.html

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Zora » úte led 02, 2018 13:59

Jiffy píše:
Zora píše:Takže - postupuju správně?
Dají se ony definice vyjádřit nějak lidštěji, přístupněji? :roll:

Z


Určitě daji. Wikipedie je encyklopedie, takže odborné věci popisuje odborně, což někdy v opulárně naučném prostředí může být trochu na škodu. Takže k jednotlivým pojmům:

Marker: Ten už jsem popsal v předešlém příspěvku. Chápejte to velmi zjednodušeně jako určitou část DNA. Nachází se na chromozomu Y což je věc, která je přítomná jen u mužů a dědí se v přímé otcovské linii, podobně jako příjmení. Proto se toto testování provádí jen u mužských jedinců. Dalo by se opět zjednodušeně říci, že každá rodina má "svůj chromozom", který si dědí z otce na syna. Markerů v chromozomu je více, není jen jeden. Každý marker má také určitou hodnotu. Jak už jsem řekl, výsledkem je v podstatě tabulka s čísly. Je v ní uvedený vždycky konkrétní marker a jeho hodnota. To by samo o sobě nestačilo, kdyby nedocházelo postupem generací k mutaci těchto markerů. Tj., že jednou za X generací nějaký z markerů náhodně změní svou hodnotu. To je pro srovnávání v genetické genealogii důležité. Kdyby markery nemutovaly, tak my všichni muži máme tu tabulku s čísly úpl ě stejnou a nezjistíme z toho vůbec nic. Ale od našeho společného mužského předka docházelo v minulosti k mnoha různým mutacím a z jedné společné "tabulky" dnes máme každý tabulku s různými hodnotami markerů právě vlivem mutací v průběhu staletí a tisíciletí. A čím bližší máme hodnoty společných markerů mezi dvěma jedinci, tím blíže mají společného mužského předka. Dva Novákové, kteří mají společného pradědečka Nováka budou mít hodnoty stejné. Ale když budou mít společného až 4x pradědečka Nováka, pak už se nějaký marker vlivem mutace může změnit, třeba o jedničku, tedy při srovnání hodnot bude se bude jedna z nich lišit o jedničku, hovoříme tedy o genetické vzdálenosti 1. Když budou mít společného předka až 9xpradedečka Nováka, tak se páové mezi sebou budou lišit třeba už o dvě mutace, tedy o genetickou vzdálenost 2 atd. Tedy čím dále máme společného předka v minulosti, tak tím více se nám začínají hdonoty našich markerů lišit. A toto srovnávání a určování společného otcovského předka v minulosti lze využít v genealogii. Např. u zmíněných dvou Nováků jde podle té genetické vzdálenosti určit, zda mají společného prapředka Nováka (pokud jsou k sobě hodnotami svých markerů blízko) a nebo oni dva zrovna příbuzní nejsou a jejich příjmení vzniklo nezávisle na sobě.

Haplotyp: co je marker jsme si už vysvětlili. A vlastně při tom i vysvětlili, co je to ten haplotyp. To je právě ona tabulka markerů, která je vlastní konkrétnímu jedinci. Já mám soubor hodnot svých vlastních markerů. V případě genealgického testu je mým haplotypem jeho výsledek. Kolegové Peters nebo gkg mají také tabulky s hodnotami svých markerů, a to jsou tedy zase jejich vlastní haplotypy. Tyto své haplotypy srovnáváme v databázích a právě hledáme podobné haplotypy, což principiálně znamená, že lidé, ke kterým jsou naše soubory markerů (jejich hodnoty) blízké, jsou s velkou pravděpodobností naši příbuzní, resp. lidé, se kterými máme společného předka v otcovské linii.

Haploskupina: obrazně by se dalo říci, že je to taková genetická krevní skupina. V průběhu deseti tisíců let vývoje člověka počínaje našim společným předkem v Africe se lidská populace geneticky vyvíjela v určitých skupinách. Každá z těchto skupin měla svou vlastní historii. Tyto skupiny někde v minulosti vznikly, v určitých dobách různě migrovaly, někde se rozšířily, jinde zanikly, mnohé z nich lze ztotožnit s nějakou archeologickou kulturou nebo civilizačním okruhem. Během doby se dosáhly určitého rozšíření a mají nějaké své typické znaky. Ať už je to geografické rozšíření v současnosti nebo právě jejich vlastní minulost. Naše haploskupina nám řekne tedy něco málo o prehistorii našeho rodu. Tedy ono příslovečné kdo jsme, resp. odkud pocházíme. Kdo byli v dávné minulosti naši předkové.

Snad je to takto dostatečné a hlavně alespoň trochu srozumitelné.


Bezva, děkuji, - jen se mně to podařilo v záplavě příspěvků přehlédnout. ach jo.

za chvíli se odmlčím, aby se mně to v hlavě uleželo a roztřídilo.

Z
Uživatelský avatar
Zora
 
Příspěvky: 13523
Registrován: čtv kvě 31, 2012 15:01
Bydliště: Ivančice
Oblast pátrání: Ivančice a okolí, Brno-Zábrdovice, jižně od Brna, Tišnovsko, Vysočina-Žďár, Křižanov, Velkobítešsko, Náměšťsko, z části Třebíč, mlynářské rody na řekách Jihlava, Oslava, matriky Rakousko z části

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Monika » úte led 02, 2018 22:55

Jiffy a ZEL, děkuji! Teď už se asi začínám trošku chytat. Ještě si to párkrát přečtu (první pracovní den roku byl poněkud náročný).

Jen mám trochu potíž s výrazy "chromozom", "gen", "DNA".
Zmátlo mě toto:
ZEL: "Pro genetickou genealogii jsou důležité mutace v nekódující části chromozomu, tj. mimo geny (mutace nezpůsobí genetickou změnu)."

Myslela jsem, že gen je ten žebřík s bambulkami, které jsou spojené pacičkami, ale asi je to něco jiného tedy. Co je gen v tom "žebříkovém" vyjádření?
Chromozom vím jen, že je X a Y, že vypadá jako spojené žebříky, že ženy mají XX a muži XY a že všichni lidé máme stejný počet chromozomů. Každý z našich chromozomů je jiný? Jsou to opravdu spojené dva žebříky nebo to jen tak vypadá?
A co je tedy ten žebřík s bambulkami?
DNA je co (v "žebříkovém" vyjádření)? Je to jeden žebřík nebo jen jedna noha žebříku?

A marker jako část DNA je potom část celého žebříku, jedné jeho nohy nebo víc žebříků?

Jiffy píše:... jednou za X generací nějaký z markerů náhodně změní svou hodnotu...

Počet generací, za které marker změní hodnotu, je konstatní a pro všechny stejný? Hodnotu pak mění vždy o jedničku?
Myslím tím, jestli muž A a muž B, kteří jsou od společného předka vzdáleni o stejný počet generací budou mít stejný počet zmutovaných markrů o stejnou hodnotu (třeba 1). Nebo může mít každý z nich jiný počet zmutovaných markrů o jiný počet jedniček?

Vím, že to pro vás musejí být úplně stupidní otázky. A ještě jednou děkuji za vysvětlení!
Uživatelský avatar
Monika
 
Příspěvky: 2677
Registrován: úte lis 18, 2014 2:11
Oblast pátrání: Lounsko, Slánsko, Kladensko, Rakovnicko, Nové Strašecí, Halič

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Jiffy » úte led 02, 2018 23:48

Monika píše:
Jiffy píše:... jednou za X generací nějaký z markerů náhodně změní svou hodnotu...

Počet generací, za které marker změní hodnotu, je konstatní a pro všechny stejný? Hodnotu pak mění vždy o jedničku?
Myslím tím, jestli muž A a muž B, kteří jsou od společného předka vzdáleni o stejný počet generací budou mít stejný počet zmutovaných markrů o stejnou hodnotu (třeba 1). Nebo může mít každý z nich jiný počet zmutovaných markrů o jiný počet jedniček?

Vím, že to pro vás musejí být úplně stupidní otázky. A ještě jednou děkuji za vysvětlení!


Nejsou to stupidní otázky, jsou to standardní otázky, kterými se člověk učí. Sám jsem také takové dříve měl.

Markery mutují náhodně. Existují případy, kdy dva jedinci se společným předkem v 5. generaci mají vůči sobě genetickou vzdálenost 3, tedy za tu dobu od společného předka k nim došlo v jejich liniích celkem ke třem změnám. A pak jsou také případy lidí se společným předkem v 10. generaci a nemají vůči sobě rozdíl žádný. Každý marker mutuje náhodně. Navíc určité druhy markerů jsou rychleji mutující a některé pomaleji mutující. Proto ten společný předek v minulosti, pakliže ho nemáme potvrzeného matričně, je vždy jen odhadován statisticky, tedy s nějakým procentem pravděpodobnosti. Také záleží na počtu testovaných markerů. Čím více jich máme testovaných, tím přesnější jsou pro nás výsledky. Ať už kvůli mutacím nebo třeba právě kvůli markerům, které nezmutovaly, tedy nezměnily se. To všechno nám pak dává přesnější odhad doby společného předka v minulosti. Obecně tedy platí dvě roviny potvrzování blízké příbuznosti – musíme mít testovaný co největší počet markerů a ty zároven musejí být hodnotově co nejblíže u sebe. Čím jsou hodnotově vzdálěnější tím vzdálenější je společný otcovský předek v minulosti a čím méně jich máme testovných, tím méně podrobné je toto srovnávání, protože neznáme hodnoty těch netestovaných markerů a nevíme zda jsou blízké nebo naopak vzdálené.
Jiffy
 
Příspěvky: 17
Registrován: úte srp 01, 2006 11:09
Bydliště: Brno, Rýmařov
Oblast pátrání: Morava

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Jiffy » stř led 03, 2018 0:05

Ještě bych tu příbuznost ukázal na příkladu. Běžně se dají sehnat testy na 23, 37, 67 a 111 markerů.

Každá shoda má určitou úroveň vypovídající hodnoty

23/23 markerů
Dva jedinci s touto shodou nemusejí být nutně příbuzní, těch markerů je testovaných opravdu málo. Ale když mají stejné příjmení, je tu už docela velká šance, že tam bude společný otcovský předek.

37/37
To je už větší jistota příbuznosti. Když máme takovou shodu s někým, kdo má předky ze stejného regionu (a nemusí se jmenovat zrovna stejně jako my), je zde už docela velká šance, že máme společného předka v populaci tohoto regionu někdy ve středověku.

67/67
Tohle už je ve většíně případů docela jasná příbuznost, při troše štěstí odhalitelná už v matriční době, tedy podložitelná i písemnými záznamy. A tedy tato shoda může sloužit pro kontrolu toho, že naše rodokmeny vedoucí ke společnému zapsanému předkovi jsou správné. A nebo naopak, že je někde chyba, když společného předka máme dohledaného a ten rozdíl v hodnotách markerů je tak obrovský, že je prakticky vyloučeno, že by byl našim společným genetickým předkem. V tomto případě jsme naopak objevili falešnou paternitu.

111/111
tohle je zcela jasná přibuznost na úrovni sourozenců, brantranců, vlastníků apod.

– Tohle jsou případy ideálních shod. Samozřejmě vlivem těch mutací můžeme mít už ty genetické vzdálenosti. Zde právě záleží na tom počtu testovaných markerů. Genetická vzdálenost 2, tedy shodných 109/111 markerů nám stále ještě mluví o velmi blízké příbuznosti než např. 21/23, tam už ty dvě mutace znamenají pravděpodobně vzdálenější příbuznost (protože nemáme testované další markery a nevíme tedy jak moc jsou si vzdálené nebo blízké).
Existují internetové kalkulačky, kam zadáte počet testovaných markerů (resp. porovnávaných markerů, které máte spoelčně testované s druhou osobou) a ty vám vypočítají odhad společného předka v konkrétní generaci i ro různé genetické vzdálenosti. Např. http://www.moseswalker.com/mrca/calculator.asp?q=1
Naposledy upravil Jiffy dne stř led 03, 2018 0:53, celkově upraveno 1
Jiffy
 
Příspěvky: 17
Registrován: úte srp 01, 2006 11:09
Bydliště: Brno, Rýmařov
Oblast pátrání: Morava

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Monika » stř led 03, 2018 0:41

Děkuji! Tohle už je mi jasnější. A může se stát, že by měli dva muži třeba 60/67 nebo 93/111 a neměli společného předka (záměrně jsem zvolila zhruba -10 a -16 %)? Nebo kde je ta hranice, kdy nepříbuzní mohou mít podobné markry (jako že došlo náhodně k právě takovým mutacím, jaké má někdo jiný bez mutace téhle části)? Samozřejmě chápu, že se procenta budou lišit při větším počtu testovaných markrů.
Uživatelský avatar
Monika
 
Příspěvky: 2677
Registrován: úte lis 18, 2014 2:11
Oblast pátrání: Lounsko, Slánsko, Kladensko, Rakovnicko, Nové Strašecí, Halič

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Geldius » stř led 03, 2018 2:11

Pokusím se přispět k osvětlení základních faktů. Stáhněte si prosím tyto slidy http://odin.mdacc.tmc.edu/~ryu/materials/ChrY.pdf

"žebřík s bambulkami" je dvoušroubovice DNA a je tvořen dvěma vlákny velmi dlouhé makromolekuly (tj. DNA).
Jedno vlákno (noha žebříku) má za úkol kódovat a řídit stavbu buněk (i organismu) a je to zároveň vlákno, ze kterého se při analýze DNA čtou např. markery. Toto vlákno nazýváme kodogenní.
Druhé vlákno má za úkol kopírování celé dvoušroubovice a nazývá se templátové nebo matriční (jako matrice), lze si ho představit i jako štoček. Templátové vlákno nás při analýze nezajímá.
(slidy 19, 20)

DNA je uspořádána do chromozomů, člověk jich má 46 (tj. 23 párů).
Různé živočišné druhy mohou mít různý počet chromozomů, např. šimpanzi, gorily a orangutani jich mají 48.
(slide 1 - chromozom pod elektronovým mikroskopem)

Genom je sada všech chromozomů, které jsou obsaženy v jádru každé buňky.
V našem těle je v každé buňce stejná sada chromozomů s totožnou genetickou informací.
Do genomu patří i mitochondriální DNA (mtDNA), která je obsažena v mitochondriích (buňečných organelách) a není uspořádána do dvoušroubovice (žebříku)
ale do kruhu. Genom všech žijících lidí se shoduje z 99,8%. Pro genetickou genealogii je zajímavých právě těch 0,2%.
(slide 2, 12 bez mtDNA)

Chromozomy rozlišujeme na autosomální (páry 1 - 22) a pohlavní (X a Y).

Gen je úsek DNA, který kóduje jak se má postavit bílkovina nebo má nějakou řídící funkci. V lidském genomu je cca 25 000 genů.

V genetické genealogii se využívají dva druhy markerů (i když je známo více druhů viz. https://cs.wikipedia.org/wiki/Genetick%C3%BD_marker).
Marker SNP (Single Nucleotide Polymorphysm) je změna (mutace) jedné báze (bambule žebříku), např. C -> T.
Marker STR (Short Tandem Repeat) je sekvence opakujích se bází. Např. hodnota hypotetického markeru ATC-ATC-ATC-ATC je 4,
při další mutaci se může počet opakování (hodnota) změnit na 3 nebo 5.
Markery se nacházejí v nekódující oblasti (na kodogenním vláknu).

Více podrobností je na wiki stránce https://cs.wikipedia.org/wiki/Lidsk%C3%BD_genom
a myslím, že text není až tolik odborný.
Naposledy upravil Geldius dne čtv led 04, 2018 2:31, celkově upraveno 1
Geldius
 
Příspěvky: 11
Registrován: stř led 13, 2016 16:50
Oblast pátrání: Kladensko, Slánsko , Rakovnicko, Berounsko

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod gkg » stř led 03, 2018 9:46

Monika píše:Děkuji! Tohle už je mi jasnější. A může se stát, že by měli dva muži třeba 60/67 nebo 93/111 a neměli společného předka (záměrně jsem zvolila zhruba -10 a -16 %)? Nebo kde je ta hranice, kdy nepříbuzní mohou mít podobné markry (jako že došlo náhodně k právě takovým mutacím, jaké má někdo jiný bez mutace téhle části)? Samozřejmě chápu, že se procenta budou lišit při větším počtu testovaných markrů.


Vsichni mame spolecneho predka. Jde jen o to kdy ;)
gkg
 
Příspěvky: 47
Registrován: pát dub 04, 2014 11:40

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod kimes » stř led 03, 2018 12:45

gkg píše:
Monika píše:Děkuji! Tohle už je mi jasnější. A může se stát, že by měli dva muži třeba 60/67 nebo 93/111 a neměli společného předka (záměrně jsem zvolila zhruba -10 a -16 %)? Nebo kde je ta hranice, kdy nepříbuzní mohou mít podobné markry (jako že došlo náhodně k právě takovým mutacím, jaké má někdo jiný bez mutace téhle části)? Samozřejmě chápu, že se procenta budou lišit při větším počtu testovaných markrů.


Vsichni mame spolecneho predka. Jde jen o to kdy ;)

Cha, cha, to je vskutu "vědecký" poznatek, gratuluji - ten opravdu všem genealogům otevře oči :lol:
kimes
 
Příspěvky: 93
Registrován: úte bře 05, 2013 11:00

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod gkg » stř led 03, 2018 14:15

kimes píše:
gkg píše:
Monika píše:Děkuji! Tohle už je mi jasnější. A může se stát, že by měli dva muži třeba 60/67 nebo 93/111 a neměli společného předka (záměrně jsem zvolila zhruba -10 a -16 %)? Nebo kde je ta hranice, kdy nepříbuzní mohou mít podobné markry (jako že došlo náhodně k právě takovým mutacím, jaké má někdo jiný bez mutace téhle části)? Samozřejmě chápu, že se procenta budou lišit při větším počtu testovaných markrů.


Vsichni mame spolecneho predka. Jde jen o to kdy ;)

Cha, cha, to je vskutu "vědecký" poznatek, gratuluji - ten opravdu všem genealogům otevře oči :lol:


Vas ton mi prijde nesmyslne utocny. Nevim proc.

Neznam ceske pojmy, protoze vse konzumuju jen v anglictine.

Jedna se o prirozenou soucast evoluce - "common descent". Tedy to, ze jednotlive organismy pochazi ze spolecnych predku. Plati jak pro jednotlive druhy tak vnitrodruhove. Jde o obecne uznavanou vedeckou teorie i pred znalosti DNA, pro kterou objev DNA a jeji studium prineslo mnoho dalsi podpurnych argumentu.
Pokud nekdo evoluci popira / neuznava, pak je mozne ze to pro nej neni prirozeny koncept.
Beru, ze evoluce je dnes standardni soucasti lidskeho vedeni, a je mozne ji pri diskusich brat jako platnou. Nejsem ochoten diskutovat s lidmi, kteri evoluci neuznavaji, povazuji to za ztratu casu.

Ja a pan Telencio mame spolecneho predka po otcovske linii ktery zil pred asi 1850 lety.
Ja a Vy mame spolecneho predka po otcovske linii - pokud znate svou Y haplogroupu, jsem schopen vam rict kdy PRIBLIZNE zil.
Ja a libovolny zijici homo sapiens sapiens mame spolecneho predka po otcovske linii. Soucasne vedecke poznatky rikaji ze zil asi pred 200 - 300 tisici lety.
Ja a homo neanderthalensis mame spolecneho predka po otcovske linii - videl jsem vedecke teorie ktere rikali 1 milion nebo 600 tisic let.
Ja a orangutan mame spolecneho predka po otcovske linii.
Ja a zizala mame spolecneho predka.
Ja a nezmar hnedy mame spolecneho predka.

Otazkou je kdy.
gkg
 
Příspěvky: 47
Registrován: pát dub 04, 2014 11:40

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod gkg » stř led 03, 2018 14:19

Pokud umite anglicky, tak ja si se zajmem v r. 2016 precetl tento clanek: https://www.nature.com/articles/nmicrobiol201648
gkg
 
Příspěvky: 47
Registrován: pát dub 04, 2014 11:40

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Monika » stř led 03, 2018 23:49

Geldius, děkuji! Ještě si to tedy párkrát přečtu, ale asi mi to začíná být jasnější.
Uživatelský avatar
Monika
 
Příspěvky: 2677
Registrován: úte lis 18, 2014 2:11
Oblast pátrání: Lounsko, Slánsko, Kladensko, Rakovnicko, Nové Strašecí, Halič

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod Geldius » čtv led 04, 2018 2:52

Není zač, text jsem lehce upravil a v případě nejasností se je samozřejmě pokusím objasnit.

Ještě bych upozornil na krátká videa s 3D modelem DNA.
https://www.youtube.com/watch?v=YBpHEELQiZ8
https://www.youtube.com/watch?v=o_-6JXLYS-k
Geldius
 
Příspěvky: 11
Registrován: stř led 13, 2016 16:50
Oblast pátrání: Kladensko, Slánsko , Rakovnicko, Berounsko

Re: Malý blog na téma genetické genealogie

Příspěvekod gkg » čtv dub 05, 2018 21:38

Tak jsem konecne motivovan novou FB skupinou https://www.facebook.com/groups/208749216550020, vytvoril nejaky obsah pro genealogicke (polo)zacatecniky:

https://bgengen.blogspot.cz/2018/04/jak ... ftdna.html
gkg
 
Příspěvky: 47
Registrován: pát dub 04, 2014 11:40

Předchozí

Zpět na Všeobecně

Kdo je online

Uživatelé procházející toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 1 návštěvník